Das Kloster Wennigsen ist heute ein spirituelles Zentrum mit evangelischem Profil. Hier haben sich Menschen zusammengefunden, die anderen helfen, den Weg der geistigen und geistlichen Erneuerung zu entdecken und zu erproben. Ein Team mit seelsorgerischer und beraterischer Kompetenz, mit Erfahrung und Praxis in Meditation und Kontemplation und mit unterschiedlichen Methoden zur Erschließung und Vertiefung christlicher Spiritualität hilft den Weg nach Innen zu gehen.
Verbindend ist die Tradition des Herzensgebetes, das als Weg des Herzens - Via Cordis - geübt wird. Dieser meditative Weg kommt aus der ostkirchlichen Tradition und gründet in einer urchristlichen Form des Gebetes, dem Hesychasmus (Hesychia = Ruhe im Sinne von „ohne Gedanken und Bilder"). Es gewinnt seit der Mitte des 20. Jahrhunderts vermehrt Freundinnen und Freunde auch im westlichen Christentum. Die Form des mantrischen (wiederholenden) Betens verbindet ihn mit Meditationswegen vieler anderer Religionen.

In einem Teil des Klosters Wennigsen hat der Johanniterorden heute als Mieter seinen Mittelpunkt für Niedersachsen und Bremen gefunden.
Die örtliche Kirchengemeinde nutzt einige Räume und seit fast 30 Jahren finden im Klostersaal die Konzerte des Kulturkreises statt.